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name: sciskillhub-setup
description: SciSkillHub CLI 安装与使用指南。掌握按 taxonomy（object、stage、task、domain）发现 skill，并将其安装到 Claude、Cursor、Codex 等 AI agent。
homepage: https://sciskillhub.org
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# SciSkillHub CLI 安装与使用指南

SciSkillHub 是一个面向 AI agent 的专业技能分发平台。你可以用 CLI 按 taxonomy 筛选、安装各类科研与工程 skill，让 Claude、Cursor、Codex 等工具具备更具体的专业能力。

每个 skill 都是一套围绕特定任务组织的知识库和操作说明。安装完成后，AI agent 就能在对应领域里更稳定地工作。

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## 快速示例：单细胞分析

```bash
# 1. 安装 sciskillhub skill（让 agent 学会 skill routing）
sciskill install sciskillhub --agent claude -y

# 2. 按 taxonomy 查找 skill（多组合尝试）
sciskill tax                                          # 查看 object/stage/domain 枚举
sciskill tax --tasks --object "Methods and Techniques" --stage "Data Analysis and Modeling" --domain "Life Sciences"
sciskill tax --tasks --object "Software and Tools" --stage "Data Analysis and Modeling" --domain "Life Sciences"
sciskill browse skills --domain "Life Sciences" --task "Quality Control" "Clustering"

# 3. 安装找到的 skill
sciskill install <author>/<path> --agent claude -y

# 4. 之后就可以直接提问
# "帮我分析这个 h5ad 文件"
```

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## 第一步：安装 CLI

### 方式一：使用 npx（推荐）

```bash
npx sciskillhub --help
```

优点：

- 无需全局安装
- 默认使用最新版本
- 适合首次使用或临时运行

### 方式二：全局安装

```bash
npm install -g sciskillhub
sciskill --help
```

优点：

- 命令更短
- 本地重复使用更方便
- 离线环境更友好

### 安装 sciskillhub skill（必需）

完成 CLI 安装后，必须先把 SciSkillHub 自己的引导 skill 安装到目标 agent 中；后续筛选和安装其他专业 skill 都以这一步为前提。

```bash
sciskill install sciskillhub --agent claude -y
```

将 `claude` 替换成你的目标 agent，例如 `cursor`、`codex`、`openclaw`。完成这一步后，再继续后面的筛选和安装流程。

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## 第二步：推荐查询流程

SciSkillHub 使用四级 taxonomy（object、stage、task、domain）来组织 skill。推荐按以下顺序逐步缩小范围：

```text
用户自然语言输入
  -> 本地 agent 列出可能的 object（2-3 个候选）
  -> 本地 agent 列出可能的 stage（1-2 个候选）
  -> 本地 agent 判断 domains
  -> 对每个 object+stage 组合查询 tasks（可并行）
  -> 汇总 tasks，挑出最贴近当前任务的多个 tasks
  -> 对多个 object 组合查询 skills（可并行）
  -> 汇总去重候选 skill list，选择最合适的多个 skills
  -> 安装 skill
```

推荐顺序：

1. 本地列出可能的 `object`（不要只选一个，尝试 2-3 个相关候选）
2. 本地列出可能的 `stage`（1-2 个）
3. 本地判断 `domains`
4. 对多个 object+stage 组合分别查询，扩大覆盖面
5. 汇总结果后再筛选，不要一开始就锁定单一组合

**多组合尝试原则**

很多任务横跨多个 object。例如"长读长测序数据分析"：

- `Methods and Techniques` → 分析方法
- `Software and Tools` → 分析软件
- `Data and Resources` → 数据资源

如果只选一个 object，会漏掉其他维度下的相关 skill。应对 2-3 个最可能的组合都查询，汇总去重。

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## 第三步：查看 Taxonomy 枚举

```bash
sciskill tax
```

输出：

```
Object (--object-list)
  • Concepts and Theory
  • Research Capabilities
  • Methods and Techniques
  • Software and Tools
  • Instruments and Equipment
  • Data and Resources
  • Workflows
  • Standards and Guidelines

Stage (--stage-list)
  • Problem Definition and Background Research
  • Study Design
  • Data / Sample Acquisition
  • Data Analysis and Modeling
  • Validation and Interpretation
  • Writing and Publication
  • Translation to Practice
  • General Research Support

Domain (--domain-list)
  • Life Sciences
  • Computational Sciences
  • General Research
  • ...
```

选项：

- `sciskill tax --object-list` — 只看 object
- `sciskill tax --stage-list` — 只看 stage
- `sciskill tax --domain-list` — 只看 domain
- `sciskill tax --task-list` — 只看 task（默认不显示 task）
- `sciskill tax --refresh` — 强制刷新缓存
- `sciskill tax --json` — JSON 输出

### 固定 Object 列表

| Object | 适用场景 |
|--------|----------|
| `Concepts and Theory` | 理论知识、概念理解 |
| `Research Capabilities` | 科研能力、假设生成 |
| `Methods and Techniques` | 分析方法、实验技术 |
| `Software and Tools` | 软件工具、编程框架 |
| `Instruments and Equipment` | 仪器设备操作 |
| `Data and Resources` | 数据集、数据库 |
| `Workflows` | 完整工作流 |
| `Standards and Guidelines` | 标准、指南、最佳实践 |

### 固定 Stage 列表

| Stage | 说明 |
|-------|------|
| `Problem Definition and Background Research` | 问题定义与背景调研 |
| `Study Design` | 研究设计 |
| `Data / Sample Acquisition` | 数据/样本采集 |
| `Data Analysis and Modeling` | 数据分析与建模 |
| `Validation and Interpretation` | 验证与解释 |
| `Writing and Publication` | 写作与发表 |
| `Translation to Practice` | 转化应用 |
| `General Research Support` | 通用科研支持 |

### Domains 判断

| Domain | 适用场景 |
|--------|----------|
| `Life Sciences` | 生物、医学、组学、临床 |
| `Medical and Health Sciences` | 医学、临床、药物 |
| `Computational Sciences` | 编程、算法、数据工程 |
| `General Research` | 跨学科、通用方法 |

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## 第四步：查询 Tasks

根据已判断的 object + stage + domains 查询 tasks。**对多个 object 候选分别查询**，汇总结果：

```bash
# 组合 1：分析方法
sciskill tax --tasks --object "Methods and Techniques" --stage "Data Analysis and Modeling" --domain "Life Sciences"

# 组合 2：软件工具
sciskill tax --tasks --object "Software and Tools" --stage "Data Analysis and Modeling" --domain "Life Sciences"
```

输出：

```
Tasks (29 total)
  Object: Methods and Techniques
  Stage: Data Analysis and Modeling
  Domains: Life Sciences

  • Statistical Testing (54)
  • Feature Extraction (48)
  • Quality Control (23)
  • Alignment (7)
  • Quantification (17)
  ...
```

从汇总的 tasks 中挑 1-3 个最贴近当前任务的。

选项：

- `--object <value>` — 过滤 object
- `--stage <value>` — 过滤 stage
- `--domain <values...>` — 过滤 domain（可多个）
- `--limit <n>` — 返回数量，默认 100
- `--json` — JSON 输出

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## 第五步：查询 Skills

用 object + stage + tasks + domains 查询候选 skill。**对多个 object 候选分别查询**，汇总去重：

```bash
# 组合 1：分析方法
sciskill browse skills --object "Methods and Techniques" --stage "Data Analysis and Modeling" --task "Quality Control" "Alignment" --domain "Life Sciences"

# 组合 2：软件工具
sciskill browse skills --object "Software and Tools" --stage "Data Analysis and Modeling" --task "Quality Control" "Alignment" --domain "Life Sciences"
```

输出：

```
Found 20 skills:

  #  Name                      Object                Stage            Author         Path
  1. bio-long-read-sequencing… Methods and Techniq…  Data Analysis … FreedomIntell… bio-long-read-sequencing-isoseq-ana…
  ...

Install with: sciskill install <author>/<path>
```

选项：

- `--object <values...>` — 过滤 object
- `--stage <values...>` — 过滤 stage
- `--task <values...>` — 过滤 tasks（可多个）
- `--domain <values...>` — 过滤 domains（可多个）
- `-q, --query <text>` — 额外关键词过滤
- `--sort <field>` — 排序：name, stars, recent, score
- `--order <dir>` — 排序方向：asc, desc
- `-l, --limit <n>` — 返回数量，默认 20
- `--json` — JSON 输出

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## 第六步：安装 Skill

### 基本安装

```bash
sciskill install <author>/<path> --agent claude -y
```

### 项目级安装

```bash
sciskill install <skill> --agent cursor --project
```

### 自定义目录安装

```bash
sciskill install <skill> --agent claude -d /path/to/skills
```

### 单细胞工作流示例

```bash
sciskill install AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/skills/bioinformatics/alterlab-anndata --agent claude -y
sciskill install AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills/skills/bioinformatics/alterlab-scanpy --agent claude -y
```

安装提示：

- 支持直接用短名称，例如 `anndata`
- 也支持作者路径或完整 slug
- 如果短名称命中多个 skill，CLI 会提示你选择

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## 第七步：使用 Skill 解决问题

安装完成后，直接向 AI 提问即可：

```text
帮我分析这个 h5ad 文件的结构
用 scanpy 对我的单细胞数据做 QC 和聚类
```

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## 职责边界

在使用 sciskillhub 的 skill routing 功能时，必须遵守以下边界：

- 列出 2-3 个可能的 `object` 候选（不要只选一个）
- 列出 1-2 个可能的 `stage` 候选
- 判断 `domains`
- 对多个 object+stage 组合查询 `tasks`（`sciskill tax --tasks`），汇总结果
- 对多个 object 组合查询 `skills`（`sciskill browse skills`），汇总去重

不要把职责反过来：

- **不要使用 `sciskill search`**，这不是推荐的 skill routing 流程。应通过 `tax --tasks` → `browse skills` 的结构化查询路径逐步缩小范围
- 不要只选一个 object 就查询，很多任务横跨多个维度
- 不要先拿一堆 skill 再倒推 object/stage
- 不要把 CLI 当成"自动分类器"
- 不要把"判断当前任务属于什么 object/stage/domains"的责任后置到查询之后

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## 支持的 Agent

当前 CLI 支持这些 agent 参数：

| Agent | 参数 | 个人路径 | 项目路径 |
|------|------|----------|----------|
| Claude Code | `claude` | `~/.claude/skills/` | `./.claude/skills/` |
| Cursor | `cursor` | `~/.cursor/skills/` | `./.cursor/skills/` |
| Codex CLI | `codex` | `~/.codex/skills/` | `./.codex/skills/` |
| Gemini CLI | `gemini` | `~/.gemini/skills/` | `./.gemini/skills/` |
| GitHub Copilot | `copilot` | `~/.copilot/skills/` | `./.copilot/skills/` |
| Windsurf | `windsurf` | `~/.windsurf/skills/` | `./.windsurf/skills/` |
| Cline | `cline` | `~/.cline/skills/` | `./.cline/skills/` |
| Roo Code | `roo` | `~/.roo/skills/` | `./.roo/skills/` |
| OpenCode | `opencode` | `~/.config/opencode/skills/` | `./.opencode/skills/` |
| OpenClaw | `openclaw` | `~/.openclaw/skills/` | `./skills/` |
| Junie | `junie` | `~/.junie/skills/` | `./.junie/skills/` |
| Kiro | `kiro` | `~/.kiro/skills/` | `./.kiro/skills/` |
| Augment Code | `augment` | `~/.augment/skills/` | `./.augment/skills/` |
| Warp | `warp` | `~/.warp/skills/` | `./.warp/skills/` |
| Goose | `goose` | `~/.config/goose/skills/` | `~/.config/goose/skills/` |

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## 常见问题

### Q: 安装同名 skill 会怎样？

CLI 会提示你覆盖现有 skill 或取消安装。

### Q: 怎么查看已安装的 skill？

```bash
sciskill list
sciskill list --agent claude
```

### Q: 如何卸载 skill？

```bash
rm -rf ~/.claude/skills/<skill-name>
```

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## 获取帮助

- 网站: https://sciskillhub.org
- npm: https://www.npmjs.com/package/sciskillhub
- GitHub: https://github.com/sciskillhub/typescript-cli
- 命令行帮助: `sciskill --help`